计算机应用研究

作者：赵倩,张雪,张彦,林正奎,孙野青,

单位：大连海事大学a.信息科学技术学院;b.环境科学与工程学院,辽宁大连116026；

关键词：DNA甲基化,甲基化差异模式,差异甲基化位点,差异甲基化区域,识别,

基金：国家自然科学基金资助项目(31770918)；中国科学院空间科学战略性先导科技专项(XDA04020202-12,XDA04020412)；；

目前，微阵列芯片技术和重亚硫酸氢盐测序技术贡献了大量DNA甲基化实验数据，基于不同数据产生了众多识别差异甲基化位点及差异甲基化区域的方法。为了对DNA甲基化差异模式识别方法进行梳理，首先介绍了DNA甲基化研究现状，包括DNA甲基化检测方法和数据类型，以及两种DNA甲基化差异模式；接着详细阐述了芯片数据的差异甲基化位点和差异甲基化区域的识别方法，并介绍了基于八种不同算法原理的测序数据的差异甲基化模式识别方法，重点阐述了各种算法的原理、应用场景以及算法的优点和局限性；最后指出了现阶段DNA甲基化差异模式识别存在的问题和未来可能的发展趋势。

来源：2021年第5期

《计算机应用研究》期刊编辑部

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